虽然我国的水质监测工作取得了一定的成绩，但是仍存在诸多问题，当前亟须做好以下几方面工作：建立长期有效的水资源监测管理体系;大力开展水质预测研究;加强水质在线监测能力;加大投入力度，提高人员综合素质;引入第三方监测机构;提高公众的知情权。
我国的水质监测工作相比欧美等国家起步较晚，自1973年第一次全国环境保护会议召开以后，我国的环境保护进入一个崭新的历史发展时期。作为环保工作基础和重要组成部分的水质监测工作也随之起步并快速发展。目前我国已基本形成一个以大江、大河、湖泊为监测对象的监测网，常规监测已经发展得相当成熟，建立了比较完善的符合我国国情的布点、采样、运输、分析、报告等方面的技术规范。在一些重要的河流湖库，已经建立水质自动监测站。
虽然我国的水质监测工作取得了一定的成绩，但是仍存在以下问题：目前监测站网还比较稀疏，没能覆盖所有地区;供水企业需要按照新国标要求完成106项饮用水检测项目，但由于受各种因素限制，企业并不能完成所有指标的检测;各省市存在检测差异化，所谓安全水，标准不一，有些地方严有些地方松;受环境污染影响，水污染日益加剧，也给水质检测加大了难度。为了有效地应对我国水质监测中存在的问题，当前亟须做好以下几方面工作：
建立长期有效的水资源监测管理体系
我国环境监测将属于同一生态系统的流域划归多个职能部门管辖，如此难免各自为政，缺少对全流域范围内的整体考虑。一旦突发水污染事件，将会牵涉到水利、环保、交通、供水、城市建设和规划等多家部门，不同层级的政府和部门难以在第一时间做出一致的反应。当前环境监测不力，与各职能人员分工不清、责任不明有很大关联，需要建立长期有效的水资源监测管理体系，明确监测机构和人员的主要职能，做到各部门任务明确，职责分明，同时需要各有关部门协作配合，保障监测数据的科学性与公信力，更好地为开展水资源监督、评价、预警、考核服务。
大力开展水质预测研究
我国目前的水质监测工作主要以水质的监测和水污染的控制为主，对水质预测的分析研究尚未完全系统化。而且，自我国开展水质监测工作以来，积累了大量水质监测数据，监测成果没有完全被系统化利用。当前针对我国水质监测的现状及各种实验结果分析，可以着力开展水质预测分析，包括不同河域、不同季节影响水质的各种因素，有准备地进行水质监测和水利应用，进一步提升水资源的服务能力。
加强水质在线监测能力
我国目前水质监测以人工监测为主，主要方法包括移动监测(手持式设备)与采样后进行实验室监测，仅有极少部分监测点位能够实现连续在线监测。此外，我国水环境监测的指标相对较少，并不能准确地跟踪水环境的情况。水质在线监测法由于允许实时数据采集、准确程度高、人力成本低等特点，最能满足国家对水环境质量连续监管的需求。对于饮用水水源地，建设大型的水质在线联网监测系统，完成本辖区内地表水(针对河流)丰水期、平水期和枯水期的监测任务，消除污染事故隐患，完善事故应急设施;对大型排污单位，在提出清洁生产工艺、增产不增污、逐级处理、稳定达标和总量控制等要求的同时，设立联网的中小型水质在线监测系统，尤其是对有毒有害污染物质应该建立危险污染源数据库。此外，监测部门应提高实验室设备配置水平和更新力度，根据水质的变化综合开展有毒物质、重金属、有机物等与水生态密切相关的监测项目所需的仪器、设备的及时配置与监测方法的有效更新，加大环境监测新技术的应用程度，充分利用红外遥感、GIS等技术，架设水质立体监测网络，加强其在线监测能力。
加大投入力度，提高人员综合素质
水质监测行业属于技术密集型行业，涉及多个专业技术领域，包括电子、软件、机械、生物等多个专业，需要大量的经验积累，以及研发与技术人才来推动行业的发展。我国在这些专业领域缺乏具备高技术的人才，特别是软件、生物专业方面，人才较缺乏，经验积累不足，致使水质监测及分析等产品研发的技术基础薄弱，监测技术水平也较为低下，阻碍了整个行业的有利发展。与人才缺乏同样严重的，还包括研发的投入不足。目前我国高质量的监测分析仪器大部分从国外引进，国产仪器占有的市场份额较小。我国大型企业的研发费用占企业销售总额的比重很小，研发投入力度小极大地阻碍了行业技术水平的提高。要推动我国水质监测行业健康可持续发展，国家应根据未来环境管理发展的需要，加强技术引导，加大对关键技术的投入力度，同时应注重科研人才的培养，加强监测队伍的建设，提高监测人员的综合素质。
引入第三方监测机构
目前，我国只有个别城市开始尝试在重要数据监测方面引入第三方机构，大多数地方政府还是会在当地环保部门内部或下属单位安排相关部门进行水质监测工作，监测的质量、效率、稳定性很难被公正的监督，监测过程中如果存在问题更难以被问责。通过第三方监测，既符合国际惯例，又因为监测机构与供水单位之间没有利益关系而可以保障监测结果的真实可信。当然，对第三方监测机构也必须加强监管，避免供水企业与第三方机构形成利益共同体。
公开水质监测信息
水质信息公开事关公众知情权、参与权和监督权。水质监测站应定期公布监测数据和分析结果，使水质信息公开化，真正实现公众与政府部门间的信息互动。当公众遭遇水污染问题时，应将水质监测信息及时反馈到管辖部门，有效地督促主管部门的工作。水质信息公开后，有助于恢复民众对水质的信心，提高民众对政府公信力的认可程度，也有助于强化公众参与和社会监督，构建全民行动格局，产生倒逼的水质改善机制。
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