除了已经意识到的污染源，新的污染源也在层出不穷。
“抗生素抗性基因作为新型的环境污染物，被世界卫生组织列为健康威胁。”中山大学食品与健康工程研究院院长刘昕委员说，“而环境监测却对它们一路绿灯，检测项目里不包括抗生素污染，也没有针对抗生素去除的污水处理技术。”
据悉，有68种抗生素在我国地表水环境中被检出。“由于抗生素在医药、农业、畜牧业、水产养殖等领域被滥用，环境中的耐药菌和它们携带的基因，将通过水、土壤、食物的链条进入人体，造成人体抗生素耐药性。”
污染还会来自有机肥，农工党浙江省副主委张波委员说，浙江省做过实验，“一块菜地长期施用规模养殖场猪粪，对照组不施用，结果生产出的蔬菜中的铜锌砷含量，施用组远远超过对照组”。
“养殖业的饲料有多种添加剂，内含重金属元素，会有90%随畜禽粪便排出体外。”张波说，施肥到地里就产生了累积效应。
“猪饲料中的添加剂含有有机砷，施到地里会变成无机砷。”国家粮食局副局长吴子丹也认为，不是有机肥就是好的。
多种污染令人痛心，大面积退化则令人惋惜
“我小时候，东北黑黝黝一片，现在颜色都不一样。”全国政协人口资源环境委员会副主任王国发委员列出东北黑土地的近忧——黑土层变薄、有机质下降、耕层变浅，土壤理化性状变化大。
“黑土层从过去的80—100厘米下降到20—30厘米。”广东农业厅副厅长程萍委员有更准确的数据。
除了农药、化肥、除草剂造成的伤害外，王国发还发现，土壤也会被“烧伤”——
“秸秆一烧，温度七八百摄氏度，土壤里的有机质矿化、微生物被烧死。”王国发根据一年的实地调研，纠正错误观念，“过去认为焚烧后的草木灰还田增加肥力，其实和产生的破坏根本没法比。”
“秸秆出路找了那么多，还下了严令，怎么就管不住呢？”王国发分析，“过去给秸秆找出路，一整就是建厂提取木糖醇之类，能是能，可很难设想几百公里外的农民把苞米秆子拉到你那，找出路得从现实出发。”
“土壤保护基础特别薄弱。”李干杰坦承，连家底也没有摸清。
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